Evolution In Action

Un titre qui va peut-etre un peu vite en besogne pour un article (et un post) ma foi... assez excitant, en tout cas pour un biologiste! En resume, une equipe a etudie l'evolution de la resistance d'une bacterie a un antibiotique au cours du traitement d'un patient en sequencant l'ensemble de son genome a interval regulier.

Pour les non-inities, le genome de Staphylococcus aureus est long d'environ 2,9 millions de bases (A,T,G,C). Pour lire cette sequence, on la decoupe aleatoirement et on lit des morceaux d'environ 600 bases (pour les details, voir ici!). En gros, il faut lire 10 fois la sequence complete pour pouvoir la reassembler, soit 29 millions de bases! Cette approche, dite en shotgun, a donc ete repetee regulierement au cours du traitement et a permis d'observer a un niveau de detail inedit le developement de la resistance de la bacterie au traitement.

C'est le genre de recherche qui est a la mode en ce moment sous le nom de metagenomique, mais c'est a ma connaissance la premiere fois qu'on l'applique a un cas clinique. Meme si le cout reste prohibitif, l'arrivee de nouvelle technique de sequencage et d'algorithme de reassemblage plus puissants laisse esperer plus d'observations de ce genre dans le futur, avec l'espoir de comprendre a terme comment soigner les maladies nosocomiales.

La recherche en biologie a encore de beau jours devant elle!

l'article

via Evolution In Action. In the Pipeline: